Los riesgos de la producción y uso de los biocombustibles asociados a los cambios indirectos en los usos del suelo (CIUS) vienen siendo una cuestión polémica en la evaluación de la sostenibilidad de los biocombustibles. En el contexto de la producción de biocombustibles, la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza dice que el riesgo de los CIUS es «el riesgo de que la expansión de la producción de biocombustibles pueda desplazar ciertas actividades de producción agraria a suelos con elevados niveles naturales de carbono, como bosques y pastizales, que pueden generar importantes emisiones de gases de efecto invernadero, provocar pérdidas de biodiversidad y amenazar la seguridad alimentaria».
También se dice que es difícil observar o medir directamente los cambios indirectos en los usos del suelo. La página web European Energy Review menciona un informe publicado por Ernst & Young (encargado por un consorcio de organizaciones industriales y ONGs), que tiene por objeto:
(1) establecer los hechos que rodean a la cuestión de los CIUS examinando la bibliografía existente, y
(2) investigar «cuestiones relativas a la aplicación de medidas prácticas de mitigación de los CIUS y su eficacia en la producción de biocombustibles». El informe señala que «los riesgos asociados a cambios indirectos en los usos del suelo (CIUS) pueden mitigarse por medio de incentivos que fomenten prácticas ya existentes y adicionales para la sostenibilidad de la producción de biocombustibles, así como de otros sectores que utilizan productos agrarios». Se dice que el régimen propuesto es diferente de las opciones que estudia la Comisión Europea para tratar el tema de los CIUS, ya que ofrece la oportunidad de combinar los incentivos con penalizaciones para quienes no adopten medidas.
La propuesta comprende la aplicación de un «programa de créditos para la mitigación de los CIUS», que podría funcionar al mismo tiempo que la Directiva europea de energías renovables, permaneciendo sujeta a sus disposiciones. Este programa podría incluir la ampliación de los incentivos sobre el carbono establecidos por la Directiva de energías renovables.