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Los cultivos obtenidos por medio de técnicas de desarrollo natural, como la mutagénesis, no se consideran modificados genéticamente, aunque sus genomas son alterados de forma deliberada.   Un equipo de científicos de Portugal ha analizado la expresión de genes utilizando micromatrices de ADN (DNA microarray) en varias líneas de arroz mutante irradiadas con rayos gamma y la ha comparado con líneas transgénicas que expresan un anticuerpo anticáncer, para descubrir que la modificación de los caracteres de los cultivos ya sea por introducción de transgenes o por mutagénesis puede dar lugar a que se modifique la expresión de genes sobre los que no se pretendía actuar. En el estudio, los científicos observaron que la alteración afectaba más a las líneas mutantes que a las transgénicas.   El equipo recomienda que se realice una evaluación de seguridad de las variedades de cultivos mejoradas caso por caso, y no sólo de las variedades obtenidas por ingeniería genética.