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Las semillas son la plataforma ideal para la producción rentable de proteínas recombinantes, ya que están diseñadas para la máxima síntesis y acumulación de proteínas. La dificultad de diseñar semillas que sirvan como biofactorías es que son determinantes del desarrollo y han evolucionado de manera que la maduración de cada semilla es esencialmente idéntica. Las semillas han evolucionado para acumular grasas, aceites y carbohidratos además de proteínas, dejando poco espacio celular para agregar productos adicionales resultantes de la expresión de transgenes.   Monica Schmidt y Eliot Herman del Donald Danforth Plant Science Center de Estados Unidos, en un estudio publicado por la revista Plant Biotech Journal, han presentado resultados que indican la posibilidad de aumentar la acumulación de proteína extraña del 1,6% a un 7% cambiando la capacidad de síntesis de proteínas intrínsecas por la capacidad de producir proteínas extrañas. Los científicos han demostrado una mayor acumulación de una proteína verde fluorescente bajo el control de un promotor de la glicinina (importante proteína de almacenamiento de las sojas). En aplicaciones que incluyen la producción de enzimas y biocatalizadores, se puede aprovechar de forma ventajosa la escala, el bajo coste de producción y la facilidad de transporte y transformación que se obtiene con el uso de semillas de soja.