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En el número de marzo-abril de 2008 de la revista Journal of Environmental Quality, se publica un informe de científicos norteamericanos de las Universidades de Maryland, de Arkansas, de Carolina del Norte en Chapel Hill, de Cornell y del Estado de Kansas que valoran las repercusiones que puede tener la producción a gran escala de etanol de maíz y etanol celulósico sobre la gestión de nutrientes y animales, en lo que respecta a la calidad del agua. El incremento de las plantaciones de maíz podría aumentar las fugas de nitrógeno y fósforo hacia las masas de agua. Estas fugas de nutrientes se cifran en un 37% de nitrógeno y un 25% de fósforo. Se recomiendan medidas para frenar estas fugas de nutrientes, como el empleo de granos secos de destilería a modo de pienso animal para aumentar el contenido de fósforo y nitrógeno de estiércol en el suelo. También se considera que la tecnología de producción de etanol a partir de materias primas celulósicas («etanol celulósico») puede ser beneficiosa para la calidad del agua.