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La principal ventaja del maíz Bt es la protección contra las plagas de insectos. Las evidencias en el campo respaldan el hecho de que una importante ventaja secundaria es que reduce las concentraciones de micotoxinas, debido a la relación entre el daño causado por las plagas de insectos y la colonización fúngica. Felicia Wu señala en la edición de febrero de ISB News Report que «las variedades actualmente disponibles de maíz Bt han demostrado claramente en estudios de campo realizados en todo el mundo que presentan niveles de fumonisina mucho menores que las isolíneas no Bt».   Wu agrega que también existen evidencias limitadas de reducción de los niveles de deoxinivalenol (DON o vomitoxina) la micotoxina más común en los cereales y de zearalenona en el maíz Bt. «Un estudio más extensivo sobre la reducción de aflatoxinas en el maíz Bt ha arrojado resultados contradictorios, pero es probable que las nuevas variedades de maíz Bt que pueden comercializarse en breve tengan efectos más significativos sobre los niveles de aflatoxinas. De ahí que el maíz Bt pueda ser un importante instrumento de control de micotoxinas, tanto en Estados Unidos como en otros países», concluye Wu.